Hier sind speziell die Emissionen der Anlage im Fokus, das bedeutet: Geruch und Lärm, aber auch die Emissionen von Biogas dürfen gewisse Grenzwerte nicht überschreiten. Auch das Grundwasser ist zu schützen, indem grundwassergefährdende Flüssigkeiten davon abgehalten werden, zu versickern. Bei Hofdüngeranlagen wird oft auch eine Düngemittelbilanz gefordert. Wichtige Unterlagen hierzu sind u.a. TA Luft oder TA Lärm.